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RFdiffusion3 集群使用方法
RFdiffusion3（RFD3）是面向全原子生物分子设计的扩散模型，可以在结构、序列和配体等约束下生成蛋白质设计。平台已将 RFdiffusion3 封装为 CHESS 应用，用户准备好 JSON 配置及其引用的 PDB/CIF 结构文件后，即可通过图形界面提交 GPU 作业。
RFD3 可用于蛋白质结合体、蛋白质–核酸界面、小分子结合体、酶和对称结构等设计任务，也支持固定部分结构或序列的设计方式。
使用前准备
登录 CHESS 平台
访问 CHESS 平台并使用本人账号登录：
https://webhpc.tibhpc.net/#/login
登录后，点击左侧“应用中心”。
准备输入文件
RFD3 使用 JSON 文件描述一个或多个独立设计任务。部分任务还需要引用 PDB 或 CIF 结构文件。建议提前建立输入和输出目录：
text
/hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion3/input/
/hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion3/output/将 JSON 及其引用的结构文件上传到输入目录，并确认当前账号对输入文件可读、对输出目录可写。
下面是一个不含注释、可以作为格式参考的 JSON 示例：
json
{
"spec-1": {
"input": "/hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion3/input/example.pdb",
"contig": "50-80,/0,A1-100",
"select_unfixed_sequence": "A20-35",
"ligand": "HAX,OAA"
}
}主要字段说明：
| 字段 | 说明 |
|---|---|
spec-1 | 本次设计配置的名称；同一个 JSON 中可以定义多个顶层配置 |
input | 输入 PDB/CIF 结构文件的完整路径 |
contig | 描述新生成片段、固定结构片段及链间关系 |
select_unfixed_sequence | 指定允许改变序列的输入结构残基 |
ligand | 从输入结构中选择要参与设计的配体残基名称，多个名称用逗号分隔 |
示例不能直接照搬
请将 input、残基编号和配体名称替换为本人任务的真实内容。输入结构中不存在相应链、残基或配体时，任务会失败。不同设计场景使用的字段也不同，请优先参考官方输入配置说明和对应示例。
JSON 中不能写注释
标准 JSON 不支持 // 或 # 注释，也不允许最后一个字段后保留多余逗号。提交前可以使用 JSON 校验工具检查语法。
下载并打开应用
在应用中心的“应用下载”页面找到 RFdiffusion3，点击下载按钮将其添加到桌面。
返回桌面打开 RFdiffusion3，并点击左侧“提交”。
提交设计任务
在提交页面填写以下参数：
| 参数 | 说明 |
|---|---|
| 作业名称 | 用于区分本次任务，建议填写简短且有意义的名称 |
| 输入 JSON 文件 | 已上传到集群的 JSON 配置文件 |
| 结果输出目录 | 保存生成结构、配置记录和其他结果的集群目录 |
确认输入文件和输出目录无误后，点击右下角“提交”。当前 CHESS 模板会将任务提交到 qgpu_3090 队列，并分配 1 张 GPU；资源繁忙时任务可能先进入排队状态。
查看作业状态和日志
提交成功后，在应用左侧的“列表”中查看作业编号、状态、队列、CPU 核数、GPU 数量和执行节点。
点击作业名称进入详情页，可以查看：
- “输出”：标准输出和错误输出
- “数据”：作业相关文件
- “输入”：本次提交参数
- “详情”：作业 ID、队列和节点等信息
- “性能”：资源使用情况
标准输出中的“开始时间”“输入文件”“输出目录”和“结束时间”可用于确认作业是否按预期运行。下方的错误输出区域也可能包含程序运行日志；判断任务是否成功时，应结合顶部作业状态和输出目录中的结果文件，不要只根据区域名称判断。
完整操作录屏：
查看设计结果
任务完成后，RFD3 会按照 JSON 文件名、配置名称、批次和模型编号组织输出文件。默认情况下，每个设计至少会生成：
*.cif.gz：压缩的三维结构文件*.json：本次设计使用的配置和相关结果信息
文件名通常类似：
text
输入文件名_配置名_批次号_model_模型号.cif.gz
输入文件名_配置名_批次号_model_模型号.json例如：
text
demo_partial_diffusion_0_model_0.cif.gz
demo_partial_diffusion_0_model_0.json可以在 CHESS 文件管理器中下载结果，也可以登录集群后检查：
bash
cd /hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion3/output
find . -maxdepth 2 -type f | sort生成的 .cif.gz 文件可以下载后解压，并使用 PyMOL、ChimeraX 等结构可视化软件查看。
常见问题
提示 JSON 解析失败
检查引号、逗号和括号是否配对，并删除 //、# 等注释。确保上传的是标准 JSON 文件，而不是带 JavaScript 注释的示例片段。
提示找不到输入 PDB/CIF
确认 input 使用集群上的完整路径，文件确实存在，并且当前账号具有读取权限。不要填写本地电脑上的路径。
提示链、残基或配体不存在
检查 contig、select_unfixed_sequence 和 ligand 是否与输入结构完全一致，包括链 ID、残基编号和配体残基名称。
作业长时间排队
RFdiffusion3 使用 GPU 队列。资源繁忙时任务会等待，可以在作业列表中查看状态，无需重复提交相同任务。
作业显示完成但找不到结果
先确认提交时填写的输出目录，再检查作业详情中的标准输出和错误输出。日志会显示实际使用的输入文件、输出目录以及每个模型的写入路径。
不同任务的结果混在一起
建议每次提交使用独立输出目录，例如：
text
/hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion3/output/20260907_test/