Boltz-2 集群使用方法

Boltz-2 是面向结构生物学和药物发现任务的预测工具，可用于蛋白质结构预测、蛋白质-配体结合建模和结合亲和力评估。智算平台已将 Boltz-2 封装为 CHESS 应用，用户可以通过图形界面上传 .yaml 或 .fasta 输入文件并提交任务。

适用场景

如果只是提交常规 Boltz-2 预测任务，建议优先使用 CHESS 应用方式。平台会根据资源情况调度 GPU 作业，用户不需要手动编写 Slurm 脚本。

使用前准备

登录 CHESS 平台

访问 CHESS 平台并使用本人账号登录：

https://webhpc.tibhpc.net/#/login

准备输入文件

Boltz-2 应用支持上传单个文件或目录。提交前请先准备好输入文件：

• .yaml：适合描述结构预测、配体、约束等更完整的任务参数
• .fasta：适合只包含序列信息的结构预测任务
• 目录：适合一次提交多个 .yaml 或 .fasta 文件

建议把输入文件放在本人目录下，例如：

/hpcfs/fhome/用户名/boltz2/input/

输出目录也建议提前规划，例如：

/hpcfs/fhome/用户名/boltz2/output/

CHESS 平台提交

打开 Boltz-2 应用

登录后进入“应用中心”，找到 Boltz-2 应用并下载到桌面。

填写提交参数

打开桌面上的 Boltz-2 应用后，根据页面提示填写输入文件、输出目录等参数。

填写时注意：

• 如果选择“单个文件”，请填写具体的 .yaml 或 .fasta 文件路径
• 如果选择“目录”，请填写包含输入文件的目录路径
• 输出目录需要对本人账号可写
• 批量任务建议单独建立输出目录，避免不同任务结果混在一起

提交并查看作业

提交成功后，可以在“作业管理”中查看作业 ID、运行状态和进度。

点开作业详情后，可以继续查看标准输出、错误输出和运行日志。

操作录屏示例：

结果查看

任务完成后，结果会写入提交时指定的输出目录。常见结果包括：

• 预测结构文件
• 任务日志
• 评分或置信度相关文件
• 批量任务中每个输入对应的独立结果目录

如果结果目录为空或任务失败，请优先查看作业详情中的标准输出和错误输出。

常见问题

提交后一直排队

GPU 队列资源紧张时会排队。可以在“作业管理”中查看状态，等待资源释放后任务会继续运行。

提示输入文件不存在

检查文件路径是否填写完整，确认文件位于集群目录中，并且当前账号有读取权限。

提示输出目录无权限

请确认输出目录属于本人目录，或当前账号对该目录有写权限。多人共享目录需要提前联系管理员配置权限。

批量任务结果不好区分

建议每次批量提交前新建独立目录，例如：

/hpcfs/fhome/用户名/boltz2/output/20260720_test/