RFdiffusion2 集群使用方法

RFdiffusion2 是 Baker 实验室推出的第二代蛋白质生成与设计工具，适合用于蛋白质骨架设计、结合位点设计、小分子结合蛋白设计等任务。智算平台已将 RFdiffusion2 封装为 CHESS 应用，用户可以通过门户图形界面选择 JSON 输入文件并提交作业。

适用场景

如果是常规 RFdiffusion2 设计任务，建议优先使用 CHESS 应用方式提交。平台会根据应用配置调度计算资源，用户不需要手动编写 Slurm 脚本。

使用前准备

登录 CHESS 平台

访问 CHESS 平台并使用本人账号登录：

https://webhpc.tibhpc.net/#/login

准备输入文件

RFdiffusion2 应用使用 JSON 文件描述任务模板和输入参数。提交前建议将输入文件放在本人目录下，例如：

/hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion2/input/open_source_demo.json

输出目录也建议提前规划，例如：

/hpcfs/fhome/用户名/rfdiffusion2/output/

示例 JSON 片段如下，实际使用时请根据任务类型、输入 PDB、配体和 contig 参数进行调整：

{
  "active_site_indexed_atomic": "inference.input_pdb=mcsa_41/M0584_1ldm.pdb inference.ligand='NAD,OXM' contigmap.contigs=['46,A106-106,59,A166-166,2,A169-169,23,A193-193,46'] inference.contig_as_guidepost=False",
  "small_molecule_binder_rasa_buried": "inference.conditions.relative_sasa_v2.active=True inference.conditions.relative_sasa_v2.rasa=0 contigmap.contigs=['150'] inference.input_pdb=trimmed_ec2_M0151_NO_ORI_zero_com0.pdb contigmap.length=150-150 inference.ligand=PH2"
}

CHESS 平台提交

打开 RFdiffusion2 应用

登录后进入“应用中心”，找到 RFdiffusion2 应用并下载到桌面。

填写提交参数

打开桌面上的 RFdiffusion2 应用后，按页面提示选择 JSON 输入文件，并填写输出目录等参数。

填写时注意：

• 输入文件应为符合应用要求的 .json 文件。
• JSON 中的 PDB、配体和输出路径需要按本人实际目录修改。
• 输出目录需要对本人账号可写。
• 批量或多模板任务建议单独建立输出目录，避免结果混在一起。

提交并查看作业

提交成功后，可以在“作业管理”中查看作业 ID、运行状态和进度。

点开作业详情后，可以继续查看标准输出、错误输出和运行日志。

操作录屏示例：

结果查看

任务完成后，结果会写入提交时指定的输出目录。常见结果包括：

• 生成结构文件。
• 任务日志。
• 评分或筛选相关文件。
• 每个输入或模板对应的结果子目录。

如果结果目录为空或任务失败，请优先查看作业详情中的标准输出和错误输出，并确认输入路径、输出目录权限和 JSON 参数是否正确。

常见问题

提交后一直排队

GPU 队列资源紧张时会排队。可以在“作业管理”中查看状态，等待资源释放后任务会继续运行。

提示输入文件不存在

请检查 JSON 文件路径是否填写完整，确认文件位于集群目录中，并且当前账号有读取权限。

提示输出目录无权限

请确认输出目录属于本人目录，或当前账号对该目录有写权限。多人共享目录需要提前联系管理员配置权限。

JSON 参数不确定如何填写

建议先使用平台提供的示例 JSON 跑通流程，再根据自己的 PDB、配体和设计目标逐项修改参数。