应用软件

这里整理平台常用软件、交互式开发工具和使用入口。需要占用计算资源的软件，建议先通过 Slurm 申请资源，再在计算节点上使用。

常用入口

• Module 环境加载使用方法：查看、加载和切换集群预装软件环境。
• R 集群使用方法：在计算节点加载 R 环境，交互调试或批量运行 R 脚本。
• AlphaFold2 集群使用方法：通过 Slurm 提交 GPU 作业运行蛋白质结构预测。
• JupyterLab 使用方法：在计算节点上启动 Web 交互式开发环境。
• VSCode 使用方法：通过 Remote SSH 连接登录节点或计算节点进行开发调试。
• AF3 集群使用方法：使用 AlphaFold 3 容器或 CHESS 应用提交结构预测任务。
• Boltz-2 集群使用方法：通过 CHESS 应用提交结构预测和结合建模任务。
• RFdiffusion2 集群使用方法：通过 CHESS 应用提交蛋白质生成与设计任务。
• Foldseek 集群使用方法：通过 CHESS 的 BatchFoldseek 应用进行蛋白质结构比对和数据库搜索。
• OpenMPI 集群使用方法：编译并通过 Slurm 运行 MPI/OpenMP 混合并行程序。
• ParallelFold 集群使用方法：通过 CHESS 提交单体或多聚体蛋白质结构预测任务。
• RFdiffusion3 集群使用方法：通过 CHESS 提交全原子蛋白质与生物分子设计任务。
• RStudio 集群使用方法：在计算节点启动 RStudio Server，并通过 SSH 隧道在浏览器中访问。

使用建议

正式批量计算任务优先使用 sbatch 批量提交作业。需要交互式调试、Notebook 或远程开发时，可以先使用 salloc 交互式资源申请 获取计算节点，再启动对应应用。